Me interesa pausar desde un script, para ello se hace uso de D-Bus con el comando:
$ dbus-send --print-reply --session --dest=org.mpris.MediaPlayer2.vlc /org/mpris/MediaPlayer2 org.mpris.MediaPlayer2.Player.Pause
Esto lo emplearé en un script que pause la musica antes de bloquear la pantalla.
$ cat _lock.sh
mocp -P
dbus-send --print-reply --session --dest=org.mpris.MediaPlayer2.vlc /org/mpris/MediaPlayer2 org.mpris.MediaPlayer2.Player.Pause
xset dpms force off
xscreensaver-command -lock